微生物多样性

产品介绍

扩增子测序是指对基因组特定区域进行PCR扩增并进行高通量测序，用来研究特定区域序列变异的方法。在微生物领域，常见扩增子测序包括研究环境样本微生物多样性的16S/18S/ITS等扩增子测序和研究碳/氮/磷/硫循环、重金属循环、耐药等功能基因多样性的扩增子测序。

应用领域

人体微生物组与疾病健康、根基微生物与植物互作、微生物资源发现、微生物发酵、污水处理、气候变暖、环境检测等。

各扩增子介绍

16s rDNA测序：

16s rDNA具有9个保守区和9个高变区。保守区反映生物物种间的亲缘关系，高变区反映物种间的差异，其中V4-V5区特异性好，数据库信息全。

18s rDNA测序：

18s rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，反映样品中真核生物之间的种类差异。V4区使用最多、数据库信息最全、分类效果最好。

ITS测序：

该类测序主要对环境微生物中的真菌多样性进行分析。包含两个区域：ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18s和5.8s之间；ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8s和28s之间。ITS1和ITS2长度分别为350bp和400bp

功能基因测序：

基于特定功能通路（如氨氧化、碳固定、磷溶解等）的关键基因序列设计引物，用该引物进行PCR扩增，建库后进行高通量测序。功能基因测序可有效研究自然环境中的特定功能的基因多样性和其背后的微生物物种信息，并与每个采样点的环境因子相结合，同时分析环境因子与功能细菌群落结构的关系，因此对复杂环境中的微生物构成研究有重要的指导作用。

分析流程

送样要求

结果展示

文献案例

合作案例-克罗恩病早期肠道菌群具有独特的特点

Gut microbiota in the early stage of Crohn’s disease has unique characteristics

期刊：gut pathogens 发表时间：2022年12月 单位：中国人民解放军总医院

研究背景

Crohn病（Crohn’s disease，CD）是一种慢性的肠道炎症性疾病，可影响消化道的任何部位，属于炎症性肠病（IBD）的一种。cd是一种自身免疫性疾病，目前尚未完全了发病的具体原因，但遗传、环境和免疫因素都可能对其发病起到作用。治疗CD的方法包括抗炎药物、免疫抑制剂、生物制剂、手术等。新出现的证据表明，肠道微生物群在CD中起着主导作用，然而CD患者早期的微生物组改变仍不清楚。本研究旨在识别早期CD患者的细菌功能失调，并探索与CD进展相关的特异性肠道细菌。

分析方法

本研究纳入中国CD纵向前瞻性队列，包括18例早期CD患者、22例晚期CD患者和30例健康对照者。采用针对16S核糖体DNA（rDNA）基因V3-V4区的Illumina HiSeq测序技术对微生物群落进行了研究。分析了肠道微生物群与Crohn病临床特征的关系。

研究结果