细菌基因组测序

产品介绍

基因组测序可以获取最丰富、最全面的菌株遗传信息，在微生物近缘种属的 精准鉴定、分子分型以及流行病学溯源调查和风险评估中展现出巨大优势。当前 第二代、第三代高通量测序技术日趋成熟，已广泛应用于检验检测、基础科学、 临床诊断等各个领域。
采用Illumina 二代测序平台、PacBio或Nanopore三代测序平台，我们提供快 速、高质量的基因组扫描和完成图测序服务。自2022年下半年至今，我们已累计 完成近万例微生物基因组测序，获得客户广泛认可。支持多篇客户文章发表在 Nature Communication、Nature food、Nature Microbiology、PNAS、Lancet等国际 知名杂志。
微次元生物在基因组测序方向积累了丰富经验，我们的核心团队成员具备20 多年微生物基因组分析经验，同时我们正在与全球最大规模的致病细菌基因组分
型数据库EnteroBase展开长期合作，积极拓展病原微生物检测领域。

结果展示

文献案例

合作案例-基因组分析揭示CRKP在中国儿科患者中的国际和国内传播

Genomic Analysis Revealed the International and Domestic Transmission of Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae in Chinese Pediatric Patients

期刊： Microbiology Spectrum 发表时间：2023年1月 单位：上海儿童医学中心

研究背景

CRKP株的比较基因组学研究为成人中特定CRKP克隆的进化提供了深入的见解。然而，很少有研究描述了儿童患者CRKP分离株的传播动力学和基因组特征。为了阐明中国儿童CRKP感染的临床和基因组序列，我们对上海儿童医学中心8年来临床分离的198株CRKP进行了测序和分析，并研究了它们的耐药谱、毒力基因和进化特征。

分析方法

使用SPAdes进行基因组组装。利用kleborate对ST型、耐药基因和毒力决定因子进行预测。通过iqtree进行最大似然系统发育树构建。使用RecHMM去除重组区域。使用GrapeTree在线软件进行可视化。使用BEAST软件推断时间和地理起源。使用了PEPPAN进行泛基因组分析。

研究结果